سیستم ایمنی مصنوعی (AIS) یکی از مهمترین الگوریتم‌های متاهیوریستیک به منظور حل مسائل بسیار پیچیده می‌باشد. از این الگوریتم می‌توان در تحلیل خوشه‌بندی داده‌ها استفاده نمود. علی‌رغم اینکه AIS قادر است پیکربندی فضای جستجو را به خوبی نمایش دهد اما تعیین خوشه‌های داده‌ها به طور مستقیم با استفاده از خروجی آن بسیار مشکل است. بر این اساس در این مقاله الگوریتم دو مرحله‌ای پیشنهاد شده است. در مرحله اول با استفاده از الگوریتم AIS پیشنهادی، فضای جستجو مورد بررسی قرار گرفته و پیکربندی فضا تعیین می‌شود و در مرحله دوم با استفاده از روش خوشه‌بندی سلسله ‌مراتبی، خوشه‌ها و تعداد آنها مشخص می‌شود. در انتها الگوریتم پیشنهادی بر روی نمونه واقعی متشکل از داده‌های زلزله در ایران پیاده‌سازی و با نتایج الگوریتم مشابه مقایسه شده است. نتایج نشان داد که الگوریتم پیشنهادی توانسته است نقایص موجود در AIS و روش خوشه‌بندی سلسله مراتبی را پوشش دهد و از طرفی از دقت و سرعت قابل قبولی برخوردار است.